继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：亚尼克·比森 克雷格·汤姆斯 海琳·乔伊 强尼·哈里斯 乔吉娜·瑞利 Lachlan Murdoch Kristian Bruun Ted Whittall Jane Moffat Wesley French Chad Connell Miranda Millar Susanna Fournier Jillian Cook Doug MacLeod
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演员：格什菲·法拉哈尼 沙米尔·安德森 忽那汐里 比利·巴瑞特 艾奇·罗伯逊 Tara Moayedi Daisuke Tsuji 英迪娅·布朗 Nathan Castle Aidan-Jon Cullinan 亚历克斯·道尔 安维尔·乔卡亚 奈安·诺温德 帕迪·赫兰德 Emeline Lambert 内德拉·玛丽·泰勒 凯恩·艾登
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